El Instituto de Investigación Agrícola de Novgorod es la sucesora legal del instituto científico de Investigación y Diseño y Tecnológico de Agricultura de Novgorod, formado de acuerdo con el Decreto del Comité Estatal de Agricultura de la URSS de 19 de agosto de 1988 № 63 y la Orden del Departamento de la Zona de Tierra No Negra de la Academia Nacional de Ciencias Agrícolas de la RSFSR de 19 de septiembre de 1988 № 127.
En cumplimiento del Decreto del Presidente de la Federación de Rusia «Sobre la Academia Rusa de Ciencias Agrícolas», de 30 de enero de 1992 № 84 y la Academia Nacional de Ciencias Agrícolas creó la Academia Rusa Unida de Ciencias Agrícolas sobre la base de la Academia Rusa de Ciencias Agrícolas y la Academia Unida de Ciencias Agrícolas, y El Instituto de Investigación Agrícola de Novgorod fue transferido a su dirección.
De conformidad con la Ley Federal «Sobre la Academia Rusa de Ciencias, la reorganización de las Academias Estatales de Ciencias y las enmiendas a ciertos actos legislativos de la Federación de Rusia», de 27 de septiembre de 2013 № 253, y el Decreto del Gobierno de la Federación de Rusia de 30 de diciembre de 2013 № 2591, El Instituto de Investigación Agrícola de Novgorod fue transferido a la dirección de la Agencia Federal de Organizaciones Científicas.
Por el Decreto del Presidente de la Federación de Rusia, de 15 de mayo de 2018, № 215: «Sobre la estructura de los poderes ejecutivos federales» y por la Orden del Gobierno de Rusia de 27 de junio de 2018 № 1293 El Instituto de Investigación Agrícola de Novgorod fue transferido a la dirección del Ministerio de Ciencia y Enseñanza Superior de la Federación de Rusia.
De conformidad con la orden del Ministerio de Ciencia y Enseñanza Superior de la Federación de Rusia de 18 de diciembre de 2019 № 1399, El Instituto de Investigación Agrícola de Novgorod pasó a ser una filial del Centro de Investigación Federal de San Petersburgo de la Academia Rusa de Ciencias.