ФГБНУ СЗНИЭСХ является правопреемником Научно-исследовательского института экономики и организации сельскохозяйственного производства Нечерноземной зоны РСФСР Отделения ВАСХНИЛ по Нечерноземной зоне РСФСР, созданного в соответствии с постановлением Совета Министров РСФСР от 14 сентября 1977 г. № 483.

В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 30 января 1992 г. № 84 «О Российской академии сельскохозяйственных наук» на базе Российской академии сельскохозяйственных наук и Всесоюзной академии сельскохозяйственных наук создана единая Российская академия сельскохозяйственных наук, в ведение которой передан Научно-исследовательский институт экономики и организации сельскохозяйственного производства Нечерноземной зоны Российской Федерации.

В соответствии с приказом Российской академии сельскохозяйственных наук от 28 января 1998 г. № 14 Научно-исследовательский институт экономики и организации сельскохозяйственного производства Нечерноземной зоны Российской Федерации переименован в Северо-Западный научно-исследовательский институт экономики и организации сельского хозяйства.

Структурное подразделение Институт аграрной экономики и развития сельских территорий (ИАЭРСТ) Федерального государственного бюджетного учреждения науки «Санкт-Петербургский Федеральный исследовательский центр Российской академии наук» является преемником ФГБНУ СЗНИЭСХ.

В соответствии с Федеральным законом от 27 сентября 2013 г. № 253-ФЗ «О Российской академии наук, реорганизации государственных академий наук и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации» и распоряжением Правительства Российской Федерации от 30 декабря 2013 г. № 2591-р ИАЭРСТ передан в ведение Министерства науки и высшего образования РФ.

В настоящее время ФГБНУ СЗНИЭСХ находится в составе Федерального государственного бюджетного учреждения науки «Санкт-Петербургский Федеральный исследовательский центр Российской академии наук» (ФГБУН СПб ФИЦ РАН) и является его структурным подразделением. ФГБНУ СЗНИЭСХ имеет новое название — Институт аграрной экономики и развития сельских территорий (ИАЭРСТ).