El Instituto de Limnología de la Academia Rusa de Ciencias fue fundado por el Decreto del Presidium de la Academia de Ciencias de la URSS de 29 de julio de 1971 № 731.
Sobre la base del Decreto del Presidente de la RSFSR de 21 de noviembre de 1991 № 228 «Sobre la organización de la Academia Rusa de Ciencias», el Instituto de Limnología de la Academia Rusa de Ciencias pasó a formar parte de la Academia Rusa de Ciencias como el Instituto de Limnología de la Academia Rusa de Ciencias.
Por el decreto del Presidium de la Academia Rusa de Ciencias de 13 de diciembre de 2011 № 262, el Instituto de Limnología de la Academia Rusa de Ciencias fue renombrado al Instituto de Limnología (de Ciencias del Lago) de la Academia Rusa de Ciencias.
En cumplimiento de la Ley Federal «Sobre la Academia Rusa de Ciencias, reorganización de las Academias Estatales de Ciencias y enmiendas a determinados actos legislativos de la Federación de Rusia», de 27 de septiembre de 2013 № 253, y el Decreto del Gobierno de la Federación de Rusia de 30 de diciembre de 2013 № 2591, el Instituto de Limnología de la Academia Rusa de Ciencias fue transferido a la dirección de la Agencia Federal de Organizaciones Científicas.
Por el Decreto del Presidente de la Federación de Rusia, de 15 de mayo de 2018, № 215: «Sobre la estructura de los poderes ejecutivos federales» y por la Orden del Gobierno de Rusia de 27 de junio de 2018 № 1293 el El Instituto de Limnología de la Academia Rusa de Ciencias fue transferido a la dirección del Ministerio de Ciencia y Enseñanza Superior de la Federación de Rusia.
El Instituto es una de las principales instituciones de investigación limnológica de Rusia que realiza investigaciones básicas y aplicadas en limnología; desarrolla métodos destinados a estudiar a fondo las características estructurales y funcionales de los ecosistemas lacustres, la restauración de lagos y embalses, su utilización para el abastecimiento de agua potable, la piscicultura y el esparcimiento; y resuelve los problemas de vigilancia y gestión de los lagos, así como las tareas de utilización racional de sus recursos naturales.