El Instituto de Informática y Automatización de la Academia Rusa de Ciencias de San Petersburgo fue fundado como Centro Científica de computación Informática de Leningrado (LRCC) de la Academia de Ciencias de la URSS en 1978 de acuerdo con el Decreto del Consejo de Ministros de la URSS de 19 de diciembre de 1977 № 2643 y el Decreto del Presidium de la Academia de Ciencias de la URSS de 19 de enero de 1978 № 194.
Según el Decreto del Presidium de la Academia de Ciencias de la URSS de 23 de mayo de 1985 № 546, el Centro Científica de computación Informática de Leningrado de la Academia de Ciencias de la URSS fue renombrado al Instituto de Informática y Automatización de Leningrado de la Academia de Ciencias de la URSS.
Según el Decreto del Presidium de la Academia Rusa de Ciencias de 18 de febrero de 1992, № 69, el Instituto de Leningrado de Informática y Automatización de la Academia de Ciencias de la URSS fue renombrado al Instituto de Informática y Automatización de San Petersburgo de la Academia Rusa de Ciencias en relación con el retorno a Leningrado de su nombre histórico - San Petersburgo.
Según el Decreto del Presidium de la Academia Rusa de Ciencias de 18 de diciembre de 2007 № 274, el Instituto de Informática y Automatización de San Petersburgo de la Academia de Ciencias fue renomrado al Instituto de la Academia Rusa de Ciencias – el Instituto de Informática y Automatización de San Petersburgo de la Academia Rusa de Ciencias.
De acuerdo con el Decreto del Presidium de la Academia Rusa de Ciencias de 13 de diciembre de 2011 № 262, la Institución de la Academia Rusa de Ciencias «El Instituto de Informática y Automatización de San Petersburgo de la Academia Rusa de Ciencias» fue renombrado al Instituto de Informática y Automatización de San Petersburgo de la Academia Rusa de Ciencias.
En cumplimiento de la Ley Federal «Sobre la Academia Rusa de Ciencias, reorganización de las Academias Estatales de Ciencias y enmiendas a determinados actos legislativos de la Federación de Rusia», de 27 de septiembre de 2013 № 253, y el Decreto del Gobierno de la Federación de Rusia de 30 de diciembre de 2013 № 2591, el Instituto de Informática y Automatización de San Petersburgo de la Academia Rusa de Ciencias se entregó a la dirección de la Agencia Federal de Organizaciones Científicas.
Según el Decreto del Presidente de la Federación de Rusia, de 15 de mayo de 2018, № 215: «Sobre la estructura de los poderes ejecutivos federales» y por la Orden del Gobierno de Rusia de 27 de junio de 2018 № 1293 el Instituto de Informática y Automatización de San Petersburgo de la Academia Rusa de Ciencias fue transferido a la dirección del Ministerio de Ciencia y Enseñanza Superior de la Federación de Rusia.
Según la orden del Ministerio de Ciencia y Enseñanza Superior de la Federación de Rusia de 18 de diciembre de 2019 № 1399, El Instituto de Informática y Automatización de San Petersburgo de la Academia Rusa de Ciencias se reorganizó mediante la incorporación del El Instituto de Investigación Agrícola de Novgorod; El Centro Noroccidental de Investigaciones Interdisciplinarias sobre Problemas de Mantenimiento de los Alimentos; El Instituto de Economía Agrícola y Desarrollo Rural; El Centro de Investigación Científica para la Seguridad Ecológica de la Academia Rusa de Ciencias»; El Instituto de Limnología (de Ciencias del Lago) de la Academia Rusa de Ciencias, con el posterior cambio de nombre al Centro de Investigación Federal de San Petersburgo de la Academia Rusa de Ciencias (CSP ARC), manteniendo así el Instituto de Informática y Automatización de San Petersburgo de la Academia Rusa de Ciencias como división estructural de la CSP ARC.