El Centro de Investigación Científica para la Seguridad Ecológica de la Academia Rusa de Ciencias se estableció como el Instituto de la Academia de Ciencias de la URSS basado en el Decreto del Presidium de la Academia de Ciencias de la URSS de 19 de marzo de 1991 № 74 y el Decreto del Presidium del Centro Científico de Leningrado de la Academia de Ciencias de la URSS de 2 de abril de 1991 № 01-78, y fue renombrado de acuerdo con el Decreto del Presídium de la Academia Rusa de Ciencias, de 18 de diciembre de 2007 № 274 en la Institución de la Academia Rusa de Ciencias.
En virtud del Decreto del Presidium de la Academia Rusa de Ciencias de 13 de diciembre de 2011 № 262, el nombre del Centro de Investigación Científica para la Seguridad Ecológica de la Academia Rusa de Ciencias fue cambiado al Centro de Investigación Científica para la Seguridad Ecológica de la Academia Rusa de Ciencias.
En cumplimiento de la Ley Federal «Sobre la Academia Rusa de Ciencias, reorganización de las Academias Estatales de Ciencias y las enmiendas a determinados actos legislativos de la Federación de Rusia» de 27 de septiembre de 2013 № 253 y el Decreto del Gobierno de la Federación de Rusia de 30 de diciembre de 2013 № 2591 el Centro de Investigación Científica para la Seguridad Ecológica de la Academia Rusa de Ciencias fue transferido a la dirección de la Agencia Federal de Organizaciones Científicas.
Por el Decreto del Presidente de la Federación de Rusia, de 15 de mayo de 2018, № 215: «Sobre la estructura de los poderes ejecutivos federales» y por la Orden del Gobierno de Rusia de 27 de junio de 2018 № 293 Centro de Investigación Científica para la Seguridad Ecológica de la Academia Rusa de Ciencias fue transferido a la dirección del Ministerio de Ciencia y Enseñanza Superior de la Federación de Rusia.
De conformidad con la Orden del Ministerio de Ciencia y Enseñanza Superior de la Federación de Rusia de 18 de diciembre de 2019 № 1399, el Centro de Investigación Científica para la Seguridad Ecológica de la Academia Rusa de Ciencias se convirtió en una división separada del Centro de Investigación Federal de San Petersburgo de la Academia Rusa de Ciencias.
El Centro de Investigación Científica para la Seguridad Ecológica de la Academia Rusa de Ciencias hace investigaciónes científicas básica y aplicada en la seguridad ecológica.