СПИИРАН создан как Ленинградский научно-исследовательский вычислительный центр Академии наук СССР в соответствии с распоряжением Совета Министров СССР от 19 декабря 1977 г. № 2643-р и постановлением Президиума Академии наук СССР от 19 января 1978 г. № 194.
В соответствии с постановлением Президиума Академии наук СССР от 23 мая 1985 г. № 546 Ленинградский научно-исследовательский вычислительный центр Академии наук СССР переименован в Ленинградский институт информатики и автоматизации Академии наук СССР. В соответствии с постановлением Президиума Российской академии наук от 18 февраля 1992 г. № 69 Ленинградский институт информатики и автоматизации Академии наук СССР переименован в Санкт-Петербургский институт информатики и автоматизации Российской академии наук в связи с возвращением городу Ленинграду его исторического названия – Санкт-Петербург.
В соответствии с постановлением Президиума Российской академии наук от 18 декабря 2007 г. № 274 Санкт-Петербургский институт информатики и автоматизации Российской академии наук переименован в Учреждение Российской академии наук Санкт-Петербургский институт информатики и автоматизации РАН.
В соответствии с постановлением Пpезидиyма Pocсийcкoй aкадемии наук oт 13 декaбpя 2011 г. № 262 Учреждение Pocсийскoй aкадемии нayк Caнкт-Петеpбypгский институт инфopмaтики и aвтоматизации PAН переименован в Федеpaльное государственное бюджетное yчреждение нayки Caнкт-Петеpбypгский институт инфopмaтики и aвтоматизации Pоссийской академии наук.
В соответствии с приказом Министерства науки и высшего образования Российской Федерации от 18 декабря 2019 г. № 1399 Федеральное государственное бюджетное учреждения науки Санкт-Петербургский институт информатики и автоматизации Российской академии наук реорганизовано в форме присоединения к нему Федерального государственного бюджетного научного учреждения «Новгородский научно-исследовательский институт сельского хозяйства» (далее – ФГБНУ «Новгородский НИИСХ»), Федерального государственного бюджетного научного учреждения «Северо-Западный Центр междисциплинарных исследований проблем продовольственного обеспечения» (далее – СЗЦППО), Федерального государственного бюджетного научного учреждения «Северо-Западный научно-исследовательский институт экономики и организации сельского хозяйства» (далее – ФГБНУ СЗНИЭСХ), Федерального государственного бюджетного учреждения науки Санкт-Петербургского научно-исследовательского центра экологической безопасности Российской академии наук (НИЦЭБ РАН), Федерального государственного бюджетного учреждения науки Института озероведения Российской академии наук (ИНОЗ РАН) с переименованием в Федеральное государственное бюджетное учреждение науки «Санкт-Петербургский Федеральный исследовательский центр Российской академии наук» и сохранением СПИИРАН как структурного подразделения СПб ФИЦ РАН.